Сложно сказать, в чем там косяк, не видя кода, но настораживает такой момент.

Насколько я понял, тестируется скорость _записи_ в файл (file IO) и в BerkeleyDB. При этом, чтобы в файл что-то можно было записать - его надо открыть. Для BDB - это не столь важно, можно открыть файл с базой в начале, а потом иметь в наличии готовый дескриптор. Это, кстати, рекомендуемый способ работы с BDB, поскольку открытие файла - дорогая операция. Я не знаю, как это сделано у  zbr, но есть нехорошие подозрения, что тестирует он как раз скорость открытия/закрытия файлов.