В России довольно давно существует автоматизированная банковская система , которая прекрасно работает и на Windows, и на Linux и на массе других Unix-системах. Как серверная, так и клиентская часть в силу терминального режима (может использоваться обычный telnet-клиент). Работает во многих банках, например, ВТБ-24. Название не указываю, т.к. давать рекламу далеко не бедной компании лишний раз не хочется (без труда можно найти самостоятельно :) Более того -- open source ;-)

Сложность в том, что банк -- это не только АБС, а масса сопуствующего ПО, которое долгие годы писалось исключительно под Windows. Как, в прочем, и любое другое предприятие с более-менее долгой историей.