Гм... Совершенно невнятная идея. Такое впечатление, что люди придумали проблему, а потом ее решают. Если им так важно, чтобы можно было легко удалять программу, поставленную не из репозитория - checkinstall и аналоги в помощь. Не говоря о make uninstall... А если уж софт uninstall не поддерживает - ровно также он может записать любые файлы куда попало. Товарищ прицепился к паре рудиментов вроде /use/X11R6, а на остальное просто фантазия богатая. Ну лежит часть бинарников в /sbin, часть в /bin - дык и разделение там есть - на нужные руту и общие, и не особо принципиально это, вообще говоря... Их уродливые названия каталогов программ - это вообще нечто. Не знаю, кто как - но лично я это запоминать и набирать из командной строки не стремлюсь совершенно. Зато трехбуквенные стандартные названия, понимаете ли, устарели... Конечно, может, "домохозяйкам" это и удобно, но эффективной работе с системой точно не способствует.
Симлинки - это вообще бред какой-то. просто rm -R /Programs/SomeProg не пройдет - нужно еще поубивать все симлинки на удаленные файлы, то есть нужен-таки какой-то инструмент - дык и пусть он полностью удаляет софтину, чего ж проще? Тем более, что режим "удалить, но оставить конфиг" тоже никто не отменял, и реализовывать его как-то надо.

Ну, там еще масса возражений может быть, но основное - люди пытаются решать несуществующие проблемы.