Устанавливаем пакеты необходимые для сборки системы fprint:
  aptitude install libpam0g-dev libusb-dev libmagick9-dev libglib2.0-dev
  aptitude install libgtk2.0-dev libx11-dev libxv-dev # если будет сборка с поддержкой x11

Загружаем libfprint и pam_fprint с сайта http://www.reactivated.net/fprint
Собираем стандартно через:
   ./configure
   make
   make install

Генерируем слепок отпечатка указательного пальца
(запускаем под логином для которого сохраняем отпечаток):
   pam_fprint_enroll --enroll-finger 7

Для опциональной аутентификации по отпечатку (возможность ввести пароль остается),
в /etc/pam.d/common-auth первой строкой ставим:
   auth   sufficient      pam_fprint.so

Если пускать в систему нужно только после сверки отпечатка, "sufficient" заменяем на "required".

PS. В Gentoo Linux добавляем в /etc/pam.d/system-auth перед строкой c pam_unix.so

URL:
Обсуждается: https://www.opennet.ru/tips/info/1586.shtml