получая софт из официальных репозиториев есть определённая гарантия что этим софтом пользовались до тебя и что там не должно быть закладок, что он настроен и протестирован на совместимость с остальным софтом той же ветки, а скачивая с одинокого потеряного сайта - такой гарантии нет.

все эти "Средство для упрощения работы с неофициальными репозиториями пакетов;" "Single Click Install" - просто превратят Ubuntu во вторую винду имхо. она потеряет одно из главных приемуществ - ценрализованный набор готового протестированного софта.