Если выбирать между Manjaro и Arch - ставь арч. Чем меньше предустановлено зависимостей, тем стабильнее у тебя будет система при обновлениях: меньше компонентов, которые отвалятся по цепочке. "Совместимость конфигов" смотря для чего: меня например до сих пор забавляет то, что в бубунтовском OpenSSH альясы ключей в конфиге есть, но подстановку в пути ключа не завезли. С документацией не припомню каких-то проблем с тем, что на одном дистрибутиве работает так, а на другом эдак (кроме разницы в OpenSSH между арчём и убунтой). В любом случае можно пользоваьтся сразу всеми викями: арча, генту, убунты, дебиана, т.д.