>Что со способом настройки не так (если отбросить в сторону вопли "А! Конфиги!1! ААА! Это наверняка пердолинг!!" и хотя бы глянуть одним глазом, что там на самом деле) и как это можно сделать адекватнее/лучше, не "срезая" возможностей?

Кроме как виндой головного мозга я хз как это объяснить. Когда под рукой ман, и ты можешь написать конфиг, который стабилен годами, да еще комментировать настройки, да еще добавить варианты выбора закомментированными, да всё это держать в гите по желанию, разворачивая make install'ом что на локальную машину, что через сеть - я просто не имею другого объяснения почему этому способу настройки предпочитают мышковозанье. А если софт консольный - так double win.