Разрезаешь "ножом" в нужном месте (кажется хоткей по умолчанию shift+r). Получится два крипа первый до места реза, второй - после. Увеличиваешь масштаб таймлайна до нужного уровня. Мышкой сдвигаешь начало второго клипа на один кадр (или на сколько нужно), затем пододвигаешь второй клипа вплотную к первому. Готово.

Т.е. в kdenlive и других подобных редакторах работа с видео похожа на работу с кинопленкой. Надо выкинуть один кадр - отрелал его и склеил пленку заново.