Атомарное обновление это _не рокировка образов_ системы.

Например, старой версии 4.0 объёмом 3GB и нового образа весом 3.5GB, версии 4.2 на разных разделах или в одном разделе с 2-мя образами системы, одного основного и обновлённого.
Это не так.

Образ системы в read only после перезагрузки обновляется полностью ОДНИМ обновлением, не пакетным способом (т.е. частично), а ЦЕЛИКОМ ко всему рабочему образу в разных его частях, т.е. атомарно.
И не только сами бинарники, но файлы с настройками, скажем в /etc.