> вызываю killall через exec()

Поправляюсь, killall НЕ умеет работать с полным именем процесса (командой запуска), так что нужно использовать связку 'pgrep -f ...' + 'kill -9 ...'.

unset($pids, $exit);
exec('pgrep -f '.escapeshellarg('...'), $pids, $exit);
if($exit == 0 && count($pids))
{
    foreach($pids as $pid)
    {
        if(is_int($pid))
        {
            unset($out, $exit);
            exec('kill -9 '.$pid, $out, $exit);
            if($exit == 0)
                error_log(date_now().' - Процесс '.$pid.' завершён.'."\n", 3, LOG);
        }
    }
}