> Я думаю, дело может быть в "аудио я не трогал вообще".

Имелось ввиду, что на аудиодорожку в Kdenlive я не накладывал никаких эффектов. Kdenlive рендерил ее "как есть" (в оригинальном виде). И после рендера были странные "заикания" и "потрескивания" во многих местах. Потом прочитал, что у многих такая фигня, типа Kdenlive плохо работает с AAC и надо чем-то обрабатывать AAC отдельно, и его потом пихать в Kdenlive (но уже в виде MP3, например).

> По этой же причине, кодируя любое видео отдельно от аудио, есть нехилый шанс словить рассинхрон.

Сначала не было никакого "отдельно". Засунул видос (снятый камерой) с AAC-звуком в Kdenlive, а дальше я описал что из этого вышло. Отдельно это я уже потом попробовал вытащить AAC-дорожку и кодирнуть ее в MP3 с помощью ffmpeg (чтобы не было странных "заиканий" и "тресков" в Kdenlive), вот он то у меня 2 минуты и утащил. Короче, не умеет ffmpeg работать с AAC. Непонятно почему никто ничего не делает, чтобы это исправить.

> Может надо было попробовать сначала сконвертировать только звук в ffmpeg и видео оставить как есть

Именно так я потом и сделал, звук ужался на 2 минуты. Когда сравнил спектр 2х дорожек (оригинальной AAC и перекодированной в MP3), то видно что каждые 20-40 секунд он как-будто теряет кусочки аудио-потока, сокращает какие-то места, типа того. В итоге за 2х часовой файл набегает 2 минуты потерянных мест. И это уже никак не исправить вручную. Чисто технический косяк ffmpeg. Странный неприятный косяк, из-за которого я даже не представляю, как в Linux сделать простейший монтаж видео с обычной цифровой камеры. Любые нелинейные редакторы в Linux завязаны на ffmpeg и его косяки.