По моему наблюдению, падения в Thunar происходили при использовании нескольких окон (процессов). Вероятно, из-за одновременного доступа к ресурсам, гонок и т.п. Трудно детектируемая фигня. Впрочем, я и не пытался.

После перехода на табы в одном процессе, уже несколько лет как, падения прекратились.
А в этом релизе ещё двухпанельку (по F3) добавили.

Ещё, для повышения стабильности, я бы посоветовал отключить 'Trasfer files in parallel'.