NetBSD стремится быть как можно более модульной, компактной, переносимой и совместимой со стандартами. Т.к. у неё мало реальных пользователей, высока вероятность попасть в какой-нибудь тёмный угол, куда никто не заходил. Т.к. в эти тёмные углы мало кто заходит, в них можно обнаружить какие-нибудь неожиданности и глюки.

FreeBSD, по большому счёту, стремится одновременно и быть и не быть Linux'ом. Стремится иметь те же возможности, но идти своим путём. Пользователей много, меньше вероятность наткнуться на что-то неожиданное.