Ресемплировать лучше ресемплером sox (обычно входит в состав ffmpeg)
Вот этот код преобразует в 32 bit float (ресемплирование лучше делать в нем, чтобы избежать клиппинга), а потом понизит битность до 16 с применением дизеринга и нойз-шейпинга и сожмет во flac с максимальным сжатием:
ffmpeg -i input -af aformat=sample_fmts=flt,volume=-1dB,aresample=48000:resampler=soxr:precision=33:osf=s16:dither_method=shibata -c:a flac -compression_level 8 output.flac

В отличии от Foobar'а, ffmpeg по умолчанию не применяет дизеринг при понижении разрядности. Использовать или не использовать дизеринг личное дело каждого (он улучшает качество, но добавляет шум).

osf=s16 простое понижение разрядности
osf=s16:dither_method=shibata понижение разрядности до 16 с дизерингом и нойз-шейпингом по алгоритму shibata (его же использует Foobar)
osf=s16:dither_method=triangular простой дизеринг (без нойз-шейпинга)