У меня так же было (во всяком случае "удалённые" (из интерфейса) поисковики восстанавливались (в /usr/lib64/firefox/browser/omni.ja они, разумеется, остаются)). "Решил" проблему радикально:
--- a/browser/components/search/jar.mn    2020-07-19 01:09:52.782174568 +0900
+++ b/browser/components/search/jar.mn    2020-07-19 02:11:59.011683408 +0900
@@ -2,10 +2,13 @@
# License, v. 2.0. If a copy of the MPL was not distributed with this
# file, You can obtain one at http://mozilla.org/MPL/2.0/.

+#         search-extensions/                                          (extensions/**)
+
browser.jar:
         content/browser/search/autocomplete-popup.js                (content/autocomplete-popup.js)
         content/browser/search/searchbar.js                         (content/searchbar.js)
         content/browser/search/search-one-offs.js                   (content/search-one-offs.js)
-        search-extensions/                                          (extensions/**)
-
% resource search-extensions %search-extensions/ contentaccessible=yes
+        search-extensions/bing                                      (extensions/bing/**)
+        search-extensions/ddg                                       (extensions/ddg/**)
+        search-extensions/google                                    (extensions/google/**)

в результате все пропали полностью. Extension error: Error while loading 'jar:file:///usr/lib64/firefox/browser/omni.ja!/chrome/browser/search-extensions/mailru/manifest.json' (NS_ERROR_FILE_NOT_FOUND) resource://gre/modules/Extension.jsm:570 :: readJSON/</<@resource://gre/modules/Extension.jsm:570:20
У кого-нибудь есть патч на оставление токмо нужных поисковиков?