Прописать домен в список - это не лопатить тонны портянок.
И в этом списке домены и алиасы очень просто и наглядно записаны - не забудешь.
Ну и лично меня разражает, когда скрипт сам себя копирует в папку, которую он считает походящей, а не работает там, где его положили.
И крон таки руками придется править, ибо моветон запускат ьв 00:00 некритичные ко времени кроны.