Внешняя дорожка вызывает затыки (возможно по I/O), а они вызывают квадраты в H.264 декодере (только в нем, вроде, остальные просто фризятся). Это особенно иронично, потому что VideoLAN разрабатывает x264.
Я так думаю, нежелание фиксить это вызвано политическими причинами. Разработчики VLC, как я понял, любят лицензионное аниме, а оно ВСЕГДА издается с Hard Telecine (2:3 Pulldown - 59.94i), поэтому они единственные разработчики плееров, которые сделали IVTC deinterlace фильтр. Пираты же в основном смотрят рипы 23.976, 10 битные, с внешней дорожкой. А разрабы принципиально не хотят поддерживать пиратов. Это мое мнение.