Я не имею в виду, что надо всегда работать с консолью и постоянно шаманить. А то, что в гуе те же параметры все не завезёшь, что есть в командах, гибкость и кастомизация теряется. Для десктопа, например, дружелюбность какой-нить суси очень даже, а для сервера нужно знать, что у тебя стоит, что запущено, какие порты, права и т.п., что с нажатием кнопок (где по дефолту могут задаваться пустые пароли и прочие небезопасные настройки) это трудно проконтроллировать. Как следствие - поверхностное понимание работы системы, как на курсах MS - учат какие кнопки нажимать. Сложнее, если разработчики дистрибутива ещё и свои специфичные патчи, конфиги меняют так, что делая по официальной доке возникают как раз танцы. Ну да, можно далее, далее, готово, а потом уже напильником.