> Еще раз - патчи для AVX в открытом доступе.

ну прекрасно, то есть есть целый один пакет (весьма специфичный, ибо это вычислительная математика, а не очередной клиент прекрасного matrix) в котором есть целый один вендорский патч, почему-то не попавший в апстрим.
Это ж целиком и полностью оправдывает пересборку всего и вся, каждый день заново, потому что обновился один файлик, да?
Особенно полезно на, поднимаем глазки к топику, arm64, да?

> Приведи набор команд с нуля, нужный, чтобы получить на дебиане установку python3-numpy с патчем

а патч точно-точно приложится абсолютно к любой версии (или, как обычно, версия у тебя одна, та что git clone создает?) - или в твоей инструкции кое-что пропущено?

> Заодно покажи, как бинарные дистрибутивы помогают избежать проблем с неапплающимися патчами по
> сравнению с гентой.

причем бы тут проблема с неаплаящимся патчем? Они, как и гента, требуют ненужных знаний о внутреннем устройстве конкретного пакета и конкретной опакеченной софтины - отдельно (предполагая, что вообще-то ты знаешь как устроена пакетная система, я вот, к примеру, предпочел бы не знать).
Когда и если они у тебя есть - добавить патч в spec/rules - дело одной строчки. Остальное за тебя точно так же сделает автоматика - при условии что патч приложится (что у тебя именно та версия, или ты можешь позволить себе на нее поапгрейдиться, что он не подерется с местными патчами и т д - именно на это обычно и гробится время. Чем тут поможет небинарность? Две команды на тему install build-deps сэкономит мне?)

Иногда такой фокус прокатит и с gentoo - но в чем преимущества, так и осталось неясным.