> Только если есть промежуточное звено -Вася, который подписал ключ Вовы и ключ Васи подписан
> тобою -- есть криптографическая гарантия что ты имеешь публичный ключ Вовы, а не товарища майора.

ни малейшей. Ты все еще имеешь криптографическую гарантию что ключ кого-то - подписан Васей. Но ни малейшей гарантии что это Вова, кроме васиного "зуб даю".

А фингерпринт как раз - гарантия, что товарищ майор - точно тот же самый, и (пока он сам ключ не потеряет по пьяни) - сильно хуже тебе уже не будет, раз ты ему один раз уже поверил.

Васину подпись при этом можно учесть среди прочей информации при первом получении такого ключа - но это не повод доверять вовиному ключу. Ключи, подписанные ключом Вовы - вообще имеют крайне низкую степень доверия - поскольку теперь не только непонятно, тот ли это Вова, но и даже если не тот - не имеет ли он привычки проснувшись утречком с бодуна подписать пару сотен чьих попало ключей.

> Будет иерархия, к главному придет товарищ майор и попросит

эта иерархия - она твоя личная. Тебе необязательно до допроса рассказывать, кто тут главный, и чьим ключам ты больше доверяешь.
А иерархия Васи может от твоей совершенно отличаться - потому что он драпом торгует в основном, а твой кокс у него так, временами пробегал, и у него другие дилеры более доверенные.