Атомарность обновлений базовой системы не противоречит пакетам, да и выбрасывать базу репозиториев смысла нет. Такой же пакетный менеджер будет, может даже тот же apt доработанный. Просто неподдерживаемые пакеты и прикладное по будут постепенно выкидывать из реп в пользу flatpak. То есть, поставь ту же убунту, отключив все репы кроме main. Вот примерно так и будет. Компактнее репозиторий пакетов - выше их качество.

Чтобы стало понятно, как вообще работает ostree. А то тут многие слышали звон.

Есть системное ostree хранилие в /ostree/repo оно монтируется полностью rw, и при обновлении или установке дополнительных пакетов туда вполне пишутся файлы. Но там они именованы согласно sha256 хешам + хранятся списки их отображения на конкретные файловые пути. Все эти пути восстанавливаются в /ostree/deploy/<deploy1>, и создаются хардлинки на файлы в /ostree/repo. Вот этот каталог уже потом при загрузке монтируется на / в ro.

При обновлении, доустановке нужных пакетов и т.д. все файлы складываются в /ostree/repo, и создается новый /ostree/deploy/<deploy2> c новым состоянием системы. Для него создается отдельный пункт загрузки в GRUB. И при загрузке теперь можно выбирать, в какое из этих двух состояний загрузиться.

Все это очень похоже на то, как  работает Nix Store в NixOS и разрабатывалось с оглядкой на неё.