>libappdinicator позволил это дело стандартизировать, и избавил разработчиков от ненужной работы.

Тем не менее, с XEmbed разработчики тоже избавлены от ненужной работы, в Qt например QSystemTrayIcon создаешь и все готово. А если хочется чего-то кастомного, то берешь и пилишь, вместо того, чтобы рассчитывать, что для тебя расширят протокол и доработают панельки. К тому же идеальная совместимость вперед, старые приложения со времен когда тулкиты ходили пешком под стол могут запросто работать в современном xembed-трее

>Так что это делалось не ради привязки к Dbus, как я сначала подумал

Именно ради этого