Autoconf -- зоопарк несовместимых версий, и если собираешь разнообразный софт, приходится держать их все. Каждый новый мажорный релиз заставляет держать ещё одну версию, не давая существенных преимуществ пишущим конфиги. Autoconf сложнее аналогов и пользуются им только по привычке.

Если в 2.0 исправят положение, будет прекрасно, но особо в это не верится. И даже в этом случае останется зоопарк легаси.