Ну против брута ssh есть довольно простые средства вроде denyhosts. У меня так в неделю больше 100 ip попадало в черный список. denyhosts - довольно простая но действенная штука, ИМХО без нее вообще нельзя ssh открывать наружу.

Насчет уязвимостей в вебне сейчас можно заюзать тот же docker. Я лет 5 назад делал виртуалку через libvirt для внешних служб и прокидывал туда хранилище с хост-системы. Я к тому, что нужно подобные вырианты учитывать с самого начала, а не только когда пароль на рута тебе сменят.