>> пакеты не должны наступать на файлы друг друга
> Тогда этот Desk не нужен. Совсем.
>> файл был модифицирован. В этом случае можно откатить изменение, либо закомитить
> Пользователь фигея от такого количества предложений начнет жать куда попало(или он спец
> по внутренностям?) и убъет систему.

Тулза для тех кто собирает систему из исходников, Linux From Scratch, или производные.
Это уже как бы не совсем простой пользователь, и разобраться во внутренностях это одна из причин, почему он это делает. LFS не предполагает вообще никакого менеджмента пакетов, а deck можно просто бросить в систему сразу после сборки промежуточного тулчейна и начать использовать без внесения каких-либо изменений в процесс, описанный в книге. И получить рудиментарный менеджмент пакетов и инсайт какой пакет что и куда пихает.