1. Например, что-то сделать с файлами, имеющими разные (не систематические) названия, но относящиеся к одной теме в чистой командной строке неудобно, в отличие от двухпанельника.

2. Быстро глазом сравнить два каталога на предмет отличающихся файлов (назавния, время создания и т.п.) - тоже в двухпанельнике удобнее. Хоть файловые операции вроде скопировать/переместить/удалить, хоть "Apply Command".
3. Отдельные хистори для поиска, запуска, поиска по контенту,
4. быстро просмотреть пачку каталогов и вспомнить/понять, о чём они вообще удобнее, когда не надо каждый раз ещё и ls писать.
5. Просмотр/редактирование файлов на удалённых ФС или в архивах. Поиск по архивам, и/или с учётом кодировок.
6. Быстрое многократное переключение между выводом последней команды и редактированием/посмоттром файла или просмотром каталога. В принципе заменяется открытием ещё одной консоли, но лично у меня и с mc их под десяток открыто обычно.
7. Пользовательское меню, в которое запихиваются редко используемые скрипты, применяемые к выбранным фалйам или каталогам - и они все видны по доной кнопке, не надо вспоминать "как же я два года назад назвал скрипт" (и последний раз дапускал два месяца назад).
8. Выполнение одной и той же команды в двух параллельных иерархиях каталогов (допустим, поиск в каталогах include и libs проекта).
9. Примерно выбрать список файлов шелл-командой, затем (через External Panelize) выбрать окончательно руками и с выбранным что-то сделать.
10. Просмотр суммарного объёма, занятого списком выбранных файлов/каталогов.

В общем, вагон случаев, когда ФМ (и особенно двхупанельник) удобнее чистой командной строки. Тем более, что она полностью остаётся в вашем распоряжении.