Современное положение дел таково, что там, где это полезно и не приводит к сбоям, пакеты итак собираются с опцией -O3, даже если в make.conf -O2

И наоборот, там, где это приводит к багам, даже при -O3 эти пакеты собираются с опцией -O2.

Не могу сказать, что это касается всего дерева и любого пакета, но такое поведение встречается достаточно часто.