Это уже смена целых эпох, а не просто версий. Такое происходит почти раз в десять лет. Кроме того, они же ставятся в систему параллельно. Другое дело было бы, если бы одной программе нужна была версия Qt не ниже 4.4.x и не выше 4.6.x, другой - не ниже 4.7.x, третьей не выше 4.7.x и т.д. И исправление этого требовало бы огромных патчей, сопоставимых с портированием с Qt 3 на Qt 4 (или с yaml-cpp 0.3 на 0.5), а не пары строчек.