Рано радовался:

pkg --rootdir /tmp/test/ install postgresql94-server-9.4.1
[5/5] Extracting postgresql94-server-9.4.1:  17%
pkg: archive_read_extract(): Can't create '/tmp/test/usr/local/share/postgresql/timezone/Africa/Asmara'

С vim та же фигня. Но ряд пакетов ставится нормально (тот же postgresql91) .

Бапт сказал, что знает в чем причина и со временем это пофиксится:
"the scripts aren't ready for -r rootdir yet in ports" .

Так что, ждём.