алсо, когда отмучаешься, почини confgure.ac в пятёрке вот этим патчем:

diff --git a/configure.ac b/configure.ac
index aaf0a24..907abee 100644
--- a/configure.ac
+++ b/configure.ac
@@ -26,6 +26,8 @@ AC_USE_SYSTEM_EXTENSIONS
 dnl AM_GNU_GETTEXT
 dnl AM_GNU_GETTEXT_VERSION([0.17])
.
+CXXFLAGS=["$CXXFLAGS -I/usr/include/webkitfltk"]
+
 AX_PTHREAD
 LIBS=["$PTHREAD_LIBS $LIBS"]
 CXXFLAGS=["$CXXFLAGS $PTHREAD_CFLAGS"]
@@ -78,7 +80,7 @@ AC_CHECK_LIB([webkitfltk], [webkitInit], [], AC_MSG_ERROR([libwebkitfltk not fou
.
 # Check for webkitfltk version
 AC_MSG_CHECKING([webkitfltk version is ok])
-AC_COMPILE_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([[#include <webkit.h>]],
+AC_COMPILE_IFELSE([AC_LANG_PROGRAM([[#include <webkitfltk/webkit.h>]],
 >[[
 >#if WK_FLTK_MAJOR != 0 || WK_FLTK_MINOR < 1
 >#error unsupported webkitfltk version

это при условии, что ты install сделал с webkit-fltk. иначе оно обидится и не станет собираться.