Я пользуюсь FreeBSD в сумарном времени немного. И для твоей задачи не советую даже задумываться использовать *BSD. На этой платформе конечно можно выполнить требуемое тобой, но это все в теории, о выполнении на практике подобного я не читал ни где. Полагаю использовать Linux будет для этих целей куда проще.

Про эмуляцию 1С, поищи в инете, были заметки, что адаптирована wine (но может и что то другое) под него и даже уже используется на производстве.

Про математические пакеты. В моих портах в категории математики лежит 378 скелетов, полагаю можно дать 90% что среди них есть то что вам нужно. На пример вот такая весчь:

Port:   scilab-3.1.1_1
Path:   /usr/ports/math/scilab
Info:   A free Matlab clone by INRIA & ENPC
WWW:    http://www.scilab.org

Существуют Linux также имеющие свою систему портов, советую обратить на них внимание, меньше потратишь времени на поиск требуемых/зависимых пакетов. Но будь готов к разочарованию, у многих бесплатных программ, аналогов любого платного софта, может оказаться не презентабильный вид. Встречай не по одёже, но по уму.

Думаю вам придеться сильно перекроить свой учебный план, но это со временем.

Как говорится, удачи. Да прибудет с тобой сила.