>> 1) "открыть" проблемную ссылку с сервера, например через wget.
> Ясное дело пробовал elinks - все сайты, включая "проблемные", открываются успешно.
>> Конфиг корректный, работать должен.
>> Я тебя успокоил?
> Нет. Потому что судя по наблюдениям, он не полный.
> А наблюдения следующие:
> 1) Некоторые сайты, например, http://www.google.ru, тут же форвардят себя на версию
> httpS://www.google.ru - и в этом случае возникает ошибка:
> ........Прокси-сервер отказывается принимать соединения
> ........Firefox настроен на использование прокси-сервера, который отказывает в соединении.

Гениально. Предоставьте скриншот окна "Настройки соединения".

> Получается конфиг не настроен на обработку https
> Кажется, вот и ответ - http://thelinuxforce.org/article/13
> 2) Некоторые сайты, например, yandex.ru, Иногда возвращают страницу с ошибкой, содержащую
> адрес в формате  с IPv6, которую Squid не может одолеть.

Что в этом случае тебе подсказывает делать логика?