Конечно мануал писать - дело доброе, но... не так же, пожа-а-алуйста...
> После чего apt-get install glpi (для формирования первичных настроек и структуры каталогов)
> И, снова, (к сожалению, в репах долго обновление идет) скачать свежий архив
> glpi-0.90.3.tar.gz с github-а, распаковать во времянку и перезаписать все, кроме файлов
> настроек поверх файлов в папке /usr/share/glpi.

Нельзя, нельзя, нельзя! Линейкой по рукам за такое. Есть 3 варианта решения этой задачи:
1. установить с помощью apt-get
2. скачать с сайта-источника и установить (в случае с glpi) в любой каталог, который в последствии будет доступен веб-серверу.
3. собрать собственный пакет для apt-get.
При том варианте, который предлагаете вы (заменить файлы) сразу же начинается гонка с маинтайнером пакета - кто какой файл заменит быстрее, т.к. маинтайнер будет паковать исправления для пакета той версии, которая в репозитории и при очередном apt-get upgrade можно получить приятный факап из-за разницы версий файлов приложения.

> #tar xf OCSNG_UNIX_SERVER-2.2.tar (реально, на сервере валяется tar.gz, но это только видимость,
> унутрях просто tar)

Комментарий просто вызвал улыбку. Реально tar.gz содержит tar (и так везде!) и это не видимость, а техническая задумка и суровая реальность. Размер только разный у них, раза в полтора.