>[оверквотинг удален]
>же любые другие сервисы, интенсивно меняющие файлы на диске.
>
>В дальнейшем корень этой VPS можно развернуть внутри тестовой виртуальной машины.
>Если используется OpenVZ или Virtuozzo контейнерная виртуализация, то сперва поставьте на виртуалку
>OpenVZ, а уже гостевым контейнером разверните из тарболла Ваш тестовый.
>
>Все это прекрасно будет работать на домашней Windows в гостях у VirtualBOX,
>включая OpenVZ, и Вашу VPS-ку
>
>Препарировать "боевой" сервер считаю в корне неверным.

в общем +s не хватало на паре бинарников.
видимо там был не только chown -R root