>Неправильно указан путь к базам. Не забывайте что этот путь может зависеть
>от того запускается ли мускул в jail/chroot или напрямую. Также стоит
>проверить права и владельца, в том числе и каталогов стоящих выше.
>

при запуске он ищет базы в  /var/db/mysql, как раз там, где они и находятся, но почему то не видит их, запускается напрямую, а права вообще поставил пока 777 (сейчас еще можно, если все получится с мускулом, буду менять)