>Обнаружил копию каталога /proc в /var/named/chroot/proc
>Связано ли это с вышеупомянутой проблемой? Что в не так и как
>убрать дубликат из /var/named/chroot/proc?

Точнее сказать так: демон named запущен в chroot окружении. Это значит, что папка /var/named/chroot содержит в себе мини-копию всей файловой системы, но с минимальным набором файлов, достаточных для работы демона. Если демон named будет скомпроментирован (взломан), то он не сможет причинить вред всей файловой системе, так как запущен в "песочнице". Вот отсюда и копия каталога proc