Вам, вообщето, довольно трудно будет работать с юниксами, не обладая базовыми знаниями (в данном случае о правах доступа к файлам)
Вы когда под рутом ваши базы копировали, то и хозяин файлов с базами теперь рут.
А мускуль у вас наверняка запускается от пользователя mysql.
меняйте владельца файлов, и выставляйте на них права доступа
man chown
man chmod