действительно, проблема может быть вовсе и не в твоем ДНСе, к примеру вышестоящий ДНС криво настроен (подправлен), а твой мож быть настроен так, что в первую очередь пытается ресолвить внутренний адрес, обращаясь к вышестоящему ДНСу, если раньше тот без проблем отпинывал твой запрос и твой ДНС ресолвил из собственного источника, то теперь благодаря настройкам он может забыть про это. вероятно, виноват параметр forwarders в твоей конфигурации.