> Что "это" ?

"Просто как вставить и вытащить CD"

> Пакет_A_версия1 требует пакет_B_версия2, а пакет_C требует пакет_B_версии1. Держать две версии пакет_B? А зачем тогда вообще вся эта петрушка затеяна? Или вы мне посоветуете обновить пакет_C до версии, которая работает с пакет_B_версия2? Мне больше заняться нечем кроме как ломать настроенное и нормально работающее пакет_C.

Я тебе посоветую выкинуть свой дистр (RPM никак юзаешь?), ибо все возможные проблемы при изменении API/ABI библиотек уже везде решены, и с зависимостями просто не может возникнуть никаких проблем. Могу даже объяснить, почему.

> А здесь где пещеры?

Ты предлагаешь перейти к поделкам типа PBI (на самом деле их куча, но вспоминать лень ибо о каждой когда-то писали в новостях, для нее делали пару десятков пакетов и в таком состоянии оно и осталось - сотня устаревших пакетов), типа все-зависимости-в-одном-пакете.

Это значит:
- Размер дистрибутива растет многократно
- Потребляемая память растет многократно (да, иногда нужно держать пару версий одной библиотеки. Ты предлагаешь держать по экземпляру для каждого приложения)
- Если у меня запущено десяток приложений, у меня в памяти болтается десяток gettext'ов, libiconv'ов, xlib'ов, gtk/qt, whatever? Замечательно.
- При обнаружении уязвимости в libpng или libogg, мне что, надо перекачать большую часть пакетов? Замечательно. А через сколько времени после обновления самой библиотеки обновится все, в состав чего она включена?
- Если я собираю из исходников, мне каждый раз пересобирать все зависимости, идущие в комплекте? Или ты лично проследишь, чтобы были статические сборки ВСЕГО под sparc64?
- Жесткий (и, очевидно, максимально возможный) набор зависимостей у всего. Еще лучше.

Установка из-под непривилегированного пользователя? Замечательно. У каждого пользователя будет личный десяток гигабайт аппликух. Hint: пользовательей не всегда один.
Кроме того, ты лично перепишешь весь софт, в котором пути к данным прописываются в бинарник на этапе сборки (--datadir в configure).

Короче, не пори чушь. В зависимостях проблемы нет - это раз. Установка из-под пользователя возможна всегда при сборке из исходников. Нормальные пакетные менеджеры делают установку чрезвычайно простой. Да, из исхоников в том числе. Все одним кликом.