Преамбула

0) мне не нравится слишком самостоятельная автоматика. SLAAC, discovery, APIPA, вот это вот все.
1) все sysctl, якобы запрещающие автоматически создавать IPv6 link-local
адреса,  работают только на избранных версиях ядер либо не работают вообще.
2) можно пересобрать ядро без поддержки IPv6, тогда IPv6 link-local адресов
точно не будет. но это оверкилл.

Собственно скрипт
вызывается из /etc/rc.local.
любители systemd могут сделать юнит самостоятельно.

   #!/bin/sh
   AIF=$( ip link show | grep '^[0-9]' | cut -f 2 -d ':' | cut -f 1 -d '@' | sed -e 's:\\ ::g'  )

   for I in $AIF ; do
     ALL=$( ip a show dev $I | grep inet6 | grep scope | grep link | grep fe80 | cut -f 6 -d ' ' )
     for A in $ALL ; do
        ip addr del "$A" dev "$I" > /dev/null 2>&1
     done
   done

   exit 0