>PHP работает в виде модуля Apache.
>На одной машине несколько сайтов разных юзеров.
>Как сделять, чтобы скрипты запускались о имени владельца сайта
>или как-нибудь еще, чтобы они могли записывать в файлы данного юзера, а
>другие юзеры и их скрипты не могли? От чьего имени запускать
>Apache и дт? В общем, как нормальные хостинги организуются?

вариант 1 : запуск php как CGI
вариант 2 (самый нормальный, имхо): Если ОС FreeBSD, то поднять jail.