Была такая же проблема. Потратил пол часа на чтение доки.
Вот рецепт.

local.cf:
### Уменьшить у кого большое до получения желаемого размера
bayes_expiry_max_db_size 150000

рестарт. На freebsd: /usr/local/etc/rc.d/sa-spamd restart

чистим все что сверх нашего лиимта из консоли:
sa-learn -p /usr/local/etc/mail/spamassassin/local.cf --sync --force-expire

--
с ув mambur