>В iptables добавляю правило. Пакеты с определенного IP заворачиваются в IMQ, счетчик
>показывает что оно таки туда идет, а вот до самого imq0
>не доходит, ifconfig показывает что на нем нулевой трафик...

А какой командой пакеты заворачиваешь? У меня, например, такая используется:

iptables -t mangle -I PREROUTING -i $IFNAME -j IMQ --todev imq0

>Как только удаляю это правило из iptables, так сразу пакеты начинают бегать
>и туда и сюда.

Ты хочешь сказать, что перенаправление на imq0 блокирует хождение пакетов?
Опубликуй правило, пожалуйста.