Никогда это не было гемором. Само по себе 64-битное ядро не только ничем не уступает 32-битному, но и с включенным набором 32-битных вызовов ты получаешь систему, где без ограничений могут работать как 32-битные, так и 64-битные библиотеки и бинарники (с такой же эффективностью). Единственное - модули ядра понятно всегда 64-битные.
Проблемы бывают с кодом, не расчитанным на 64-битную архитектуру (который глючит или вообще не собирается), но это уже большая редкость. Ну и очевидно, что 64-битный код не может работать с 32-битным напрямую (например 64-битное приложение использовать 32-битные библиотеки и наоборот) - это ведет к тому, что работая в 64-битном гноме и запуская 32-битный firefox - он захочет подгрузить 2 копию необходимых гтк либ, уже 32 битных.
Основные проблеммы, которые до сих пор остаются не решенными для 64-битных систем - это закрытый бинарный софт, вроде adobe acroread и adobe flash player - второй очень часто нужен  в браузерах, например для просмотра видео. Тут ничего не поделаешь - пока некривых решений нет. Раньше были тормоза при эмуляции 64-битным wine`ом игр (приходилось ставить 32-битный wine + Х`ы и пускать через них) - сейчас производительность сравнялась (кстати запускать игры на отдельных чистых Х`ах эффективнее).
По-моим сугубо личным наблюдениям 64-битность никак не добавит скорости или эффективности использования ресурсов (есть куча бенчмарков).
Памяти в x86_64 потребляется где-то на 20% больше x86 (для Java разница сильнее заметна, т.к. там указатель на указателе).
Но особенно для разработчиков просто необходима возможность собирать код под x86_64 и x86 в одной системе. Все эти вещи замечательно сочетаются с дистрибутивом Gentoo.