>Права на все базы dr-xr-xr-x  nobody  nogroup (squid из под
>него запускаетса).
На запись права поставь пользователю nobody.
SquidGuard -C ALL делал?

на каталог /var/log/SquidGuard/ тоже нужно выставить права на запись!

Ошибки в cache.log есть?