>подскажите пожалуйста метод с помошью которого можно запускать команды требуюшие привелегий root
>через веб интерфейс и cgi скрипты .

есть несколько вариантов решения ...
первый : mod_suexec Allows CGI scripts to run as a specified user and Group ... с ним вроде всё ясно ...
второй : использывать suid бит .... дальше в perl скриптах пишем #!/usr/bin/suidperl .... файлы принадлещат тому от чего имени должны работать ...
третий : пишешь демон который висит на какомно порту от имени нужного юзвера ... а через веб организуешь интерфейс к этому демону .....