а произойти это могло после удаления первых строк таблицы.
если представлять таблицу все-таки как файл и не думать о SQL, то MySQL после delete реально строки не удаляет, а делает их недоступными (по-крайней мере так работает 3-я версия), и если потом ты что-то insert'ишь, mysql вставит на место старых удаленных строк, а как они кончатся (эти строки), так и будет добавлять в конец таблицы(файла).

чтоб такого не происходило после удаления можно делать optimize таблицы. тада  все недоступные строки будут реально удалены - скорость работы с таблицей вырастет и размер ее на диске уменьшится.