Кусочек вывода strace:

select(1045, [16 1044], [1040], [], {0, 148319}) = 2 (in [16 1044], left {0, 148319})
read(16, 0xbf85241c, 4096)              = -1 EAGAIN (Resource temporarily unavailable)

select говорит, что на двух сокетах (16 и 1044) есть готовые данные для чтения. Сразу же после этого, из 16-го сокета пытаемся читать и получаем отказ, что данных нет. Как такое может быть?