>>>>>> Что я делаю не так?
>>>>> на порту каталиста нужно прописать allowed vlans
>>>> Если не прописано, разрешены все вланы. На других портах таже конфигурация.
>>> Интегреные реалтеки на обычных pc-ках работают, причем с 65-м каталистом :)
>>> Платы на каталисте какие?
>>> Без vlan работает или нет?
>> Без влана работают. Платы гигабитные 16-и портовые. Точную маркировку смогу сказать когда
>> восстановят стекло до этой циски. Только что легло.
> Флоуконтроль и джамбофреймы покрутите в разные стороны.

Надо попробывать. Спасибо.
По текущей проблеме решение нашлось неожиданно. Неожиданно заметил в сислоге:

May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] irq 16: nobody cared (try booting with the "irqpoll" option)
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] Pid: 0, comm: swapper Not tainted 2.6.26-2-amd64 #1
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] Call Trace:
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  <IRQ>  [<ffffffff8026c7df>] __report_bad_irq+0x30/0x72
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8026ca1e>] note_interrupt+0x1fd/0x23b
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8026d2a7>] handle_fasteoi_irq+0xa5/0xc8
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8020f5fc>] do_IRQ+0x6d/0xd9
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff803aaa06>] cpuidle_idle_call+0x0/0xb2
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8020c47d>] ret_from_intr+0x0/0x19
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  <EOI>  [<ffffffff8021a857>] lapic_next_event+0x0/0x13
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8020ac9d>] cpu_idle+0x27/0xb8
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]  [<ffffffff8020ac91>] cpu_idle+0x1b/0xb8
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770]
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] handlers:
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] [<ffffffff8038f5bb>] (usb_hcd_irq+0x0/0x78)
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] [<ffffffffa002b78b>] (e1000_intr+0x0/0x10d [e1000])
May  9 11:07:23 debian kernel: [ 2873.772770] Disabling IRQ #16

Добавил в граб irqpoll и 16й irq перестал пропадать.
Пардон за беспокойство.