Вот как раз pacman не лучше. Например, там до сих пор не реализовали определение зависимостей на разделяемые библиотеки хотя бы по soname, в результате чего при очередной миграции вида libreadline.so.6 → libreadline.so.7 можно получить в системе неработающие исполняемые файлы, ссылающиеся на несуществующие soname, по поводу чего pacman ничего не скажет. При этом даже в apk и xbps такая функция реализована (хотя об учёте symbol versioning и тем более set-versions там можно только мечтать).

В xbps тоже довольно быстро были найдены грабли — там не отслеживаются файловые конфликты между пакетами: могут быть одновременно установлены несколько пакетов, содержащие одни и те же файлы, причём даже с разным содержимым (последний установленный пакет молча перезаписывает файлы, установленные до этого), а при удалении одного из таких конфликтующих пакетов файлы, содержимое которых в разных пакетах совпадало, молча удаляются, оставляя другой пакет в повреждённом состоянии.

В apk вот есть некоторые интересные идеи — например, install_if: https://wiki.alpinelinux.org/wiki/APKBUILD_Reference#install_if (автоматическая установка пакета, если одновременно установлены другие указанные пакеты). Хотя, скорее всего, грабли найдутся и там :-)